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1、單擊此處編輯母版標(biāo)題樣式,單擊此處編輯母版文本樣式,第二級,第三級,第四級,第五級,*,*,ANTHEPROT 5.0,蛋白分析軟件的使用,張英英,200820142042,左晨光,200820142071,賈玉琦,200820142081,劉雅懿,200820142102,李昂,200820142111,通過主程序，我們可以載入蛋白序列，對序列進(jìn)行編輯、打印、拷貝、改變設(shè)定等操作，可以在此調(diào)用各種所需的分析工具，對蛋白序列進(jìn)行分析。,一 序列編輯功能,ANTHEPROT 5.0,的主窗口便是其序列編輯窗口，如圖,:,輸入或載入序列后，便同時打開了一個圖像窗口，以彩圖的形式顯示出蛋白序列。不同
2、的蛋白殘基以不同的顏色表示。下面便是打開一個序列后的主程序窗口的例子：,二工具欄與基本功能,當(dāng)序列格式識別后，,Methods,菜單便被激活，相應(yīng)的快捷按鍵也出現(xiàn)在工具欄中。如果序列格式未能識別則不會出現(xiàn)下圖中新的工具按鈕。,打開文件按鍵,存儲文件按鍵,打印按鍵,更改字體與格式按鍵,更改設(shè)定顏色按鍵,進(jìn)行蛋白序列二級結(jié)構(gòu)預(yù)測,在蛋白序列中查找符合,PROSITES,數(shù)據(jù)庫的特征序列,繪制出蛋白序列的所有理化特性曲線,在,Internet,或本地蛋白序列數(shù)據(jù)庫中查找類似序列,計算蛋白序列分子量，比重與各蛋白殘基百分組成,計算蛋白序列滴定曲線與等電點(diǎn),選定一個片段后，繪制,Helical Whee
3、l,圖,進(jìn)行點(diǎn)陣圖（,Dot Plot,）分析,計算信號肽潛在的斷裂位點(diǎn),打開一個簡單的幫助文件,退出程序,三基本分析工具介紹,1.,點(diǎn)陣圖（,Dot Plot,）,Dot Plot,分析方法對以下分析工作非常有用：,在一條序列內(nèi)查找重復(fù)序列；,在,2,條序列中不同位置查找類似片段；,在不同序列中查找同源性。,只有當(dāng)程序載入一條序列時，才可以激活,Dot Plot,程序，選擇菜單命令,Dot Plot,或單擊按鍵,，運(yùn)行,Dot Plot,程序，可再選擇要進(jìn)行比較的第二條序列。然后，再確定參數(shù)與限制條件，包括：,窗口尺寸：移動片段的長度,矩陣：選擇替代矩陣,2.,查找,Site/signatu
4、re,在,ANTHEPROT,主窗口單擊,按鍵或選取菜單命令,Methods/Site detection(Prosite),，便進(jìn)行位點(diǎn)與特征序列的查找。程序查找給定序列是否存在,PROSITE,數(shù)據(jù)庫中已定義的特征序列，缺省設(shè)置為,100%,匹配，也可設(shè)定為,Mismatch 1 or 2,（一到兩個不匹配）或者,Similarity level,（類似水平）。,3.,預(yù)測物理化學(xué)特性曲線,Antheprot,可以以圖示的方法，顯示出預(yù)測的蛋白質(zhì)的物理化學(xué)特性曲線，下圖為一個親水性特性曲線的例子。在圖中，一個可移動的光標(biāo)，顯示了目前在序列中的位置為,115,，此位置的氨基酸殘基（,L,）顯
5、示為紅色，同時顯示前,5,個與后五個殘基（為,AIIHVLHSRHP,），特性值（,-7,）與參數(shù)（,5,）也顯示在圖中。,光標(biāo)可以如下方式移動：,鼠標(biāo)左鍵在選定位置單擊；,方向鍵左或右為每次移動一個位置；,Shift+,方向鍵左或右為每次移動十個位置；,方向鍵上或下為放大縮小。,可顯示的物理化學(xué)特性曲線包括：,親水曲線（,Hydrophobicity profile,）,疏水曲線（,Hydrophilicity profile,）,易溶性曲線（,Solvent accessibility profile,）,抗原性曲線（,Antigenicity profile,）,跨膜區(qū)域曲線（,tran
6、smembranous regions profile,）,結(jié)合抗原性曲線（,Combined antigenicity profile,）,4.,二級結(jié)構(gòu)預(yù)測,Antheprot,提供了,五,種方法進(jìn)行蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預(yù)測,：,GORI,方法,Gibrat,方法,Double Prediction Method,DPM,方法,Homologue,方法,Predator,方法,或全部使用以上幾種方法,五種方法的輸出形式分別舉例如下：,GORI,方法,：,Gibrat,方法,Double Prediction Method,DPM,方法,Homologue,方法,Predator,方法,全部使用以
7、上幾種方法的輸出形式為,5.,計算蛋白序列分子量，比容與各蛋白殘基百分組成,程序可以非常方便地對蛋白序列進(jìn)行分子量，比容與各蛋白殘基百分組成的計算。單擊,按鍵或選取,Methods/AA Composition,specific volume,M.,Weight,便進(jìn)行計算?？旖萱I為,Ctrl+M,。,6.,計算蛋白序列滴定曲線與等電點(diǎn),ANTHEPROT 5.0,還可根據(jù)一定算法，對輸入的蛋白序列計算其滴定曲線與等電點(diǎn)。,單擊,按鍵或選取,Methods/Titration curve,便可進(jìn)行計算，快捷鍵為,Ctrl+U,。輸出圖形如上圖,a,。,7.,選定一個片段后，繪制,Helical
8、 Wheel,圖,ANTHEPROT 5.0,還可先選定一個蛋白片段，繪制其,Helical Wheel,圖。單擊,按鍵或選取,Methods/Helical Wheel,便可進(jìn)行計算與繪制。在二級結(jié)構(gòu)預(yù)測輸出窗口，用鼠標(biāo)左鍵定義起始點(diǎn)，用鼠標(biāo)右鍵定義結(jié)束點(diǎn)，選擇菜單命令,Helical Wheel,，也可很方便的繪制此定義片段的,Helical Wheel,圖,8.,進(jìn)行潛在的信號肽與斷裂位點(diǎn)預(yù)測,ANTHEPROT 5.0,還對輸入的蛋白片段，進(jìn)行潛在的信號肽與斷裂位點(diǎn)預(yù)測。單擊,按鍵或選取,Methods/Potential cleavage site of signal pept.,，再選擇是原核序列或者真核序列便可進(jìn)行預(yù)測。,四結(jié)果的輸出以及與其它應(yīng)用程序進(jìn)行數(shù)據(jù)交換,ANTHEPROT 5.0,所輸出的所有文字、結(jié)果圖形與曲線，均可以打印，也可以拷貝到剪貼板，粘貼到其它應(yīng)用軟件如,WORD,中，或者輸出為,*.BMP,格式的位圖文件，使用其它軟件進(jìn)行再編輯（位圖文件體積較大，轉(zhuǎn)換成,*.jpg,文件體積較小且畫面質(zhì)量較好）。,THE END,！,
生物信息學(xué)PPT(演講)1
